Первая публикация состоялась весной 1929 в газете «Советский пахарь» (Ростов-на-Дону): рассказ «В учениках». С конца 1920-х сотрудничает в журнале «На подъеме» (Ростов-на-Дону). Печатается в сборнике произведений рабочих авторов «Сдаем пробу» (М., 1933), в сбортнике «Вступаем в строй» (М., 1934).
В 1935 поступает на заочное отделение Литературного института им. М.Горького, которое оканчивает в 1939.
В 1936 в Пятигорске выходит сборник рассказов Бабаевского «Гордость». Перед войной публикует рассказ «Карагач-Тау» в журнале «Молодая гвардия», состоялись также публикации в пятигорском и московском альм.
Во время Великой Отечественной войны был корреспондентом газете «Молодой ленинец», затем «Ставропольской правды». С писателем Эффенди Капиевым побывал в Кубанском кавалерийском полку, в 1942 два автора издали книгу очерков «Казаки на фронте». После войны в 1945–46 в Ставрополе и Москве публикует рассказ «Лилико», повести «Белая мечеть», «Казачки», «Чумаки» (другое название «Митино счастье»), издает книгу «Гусиный остров».
Увлеченный общим для тех лет пафосом восстановления мирной жизни, преодоления невиданной по своим масштабам разрухи, принесенной войной, Бабаевский видел беду литературы в том, что писатели «живут лишь сегодняшним днем... Не живут будущим. Поэтому многие произведения выходят какими-то бескрылыми...» (цит. по: Пухов Ю. Живые родники. М., 1968. С.91). Бабаевский решается на произведение, которое бы помогало современникам крепить веру в радость наступающей жизни. Вспоминая послевоенные годы, Бабаевский позже писал: «Это было время небывалого душевного подъема, время радостных надежд и свершений... Мы, живые свидетели тех лет, хорошо помним: над Кубанью, над Ставропольем, как и над всей нашей страной, витал тогда дух Победы. Он-то, дух Победы, и создавал у людей настроение праздничное, приподнятое...» (Творчество // Ставрополье. 1982. С.29–30). Так в 1947 появился роман «Кавалер Золотой Звезды», принесший автору широкую известность. Роман был инсценирован в Ставропольском драматическом театре, в Ленинградском гастрольном театре; по роману в 1951 был поставлен художественный кинофильм (сценарий Б.Чирскова). Автору удалось передать радость возвращения воина домой, его увлеченность мирным трудом. Однако общее оптимистическое настроение все же заслонило многие реальные жизненные трудности послевоенной деревни. Образ главного героя лишен временной глубины, воспоминания о драматизме еще недавней войны его не тяготят, а новые трудности он преодолевает без особых усилий. После первых лет похвал в адрес «Кавалера Золотой Звезды» началась полоса резкой критики. Как писал Ф.Абрамов в статье «Люди колхозной деревни в послевоенной прозе», Бабаевский обычным практическим делам противопоставил прекраснодушные вымыслы (Новый мир. 1954.№4. С.218).
Не оставляя темы поднимающегося из руин села, энергичного восстановления народного хозяйства, Бабаевский в 1948–50 публикует письмо из статьи Зеленчукской «Сельские электрики», статьи «В степях Ставрополья», «Приметы времени» — об электрификации колхозов на Кубани. Оптимистическая устремленность в будущее опиралась здесь на факты реальной действительности. Но в романе «Свет над землей» (1949–50) недостатки «Кавалера Золотой Звезды» как бы усугубились, воссоздаваемые в нем конфликты из жизни деревни имели умозрительный характер, что и отмечалось в печати (Нева. 1957. №9. С.199).
В 1952–54 публикуется роман «Знамя жизни», завершивший трилогию («Кавалер Золотой Звезды», «Свет над землей»).
В середине 1950-х Бабаевский совершает поездки в Венгрию, Румынию, Иран, Бирму, Китай. Появляются очерки «На румынской земле», книги очерков о жизни и работе китайских крестьян «Лицо земли» и «Ветви старого вяза» (1957). Выходят новые книги повестей и рассказов о родной стороне: «Кубанские повести» (1956), «Родниковая роща» (1956), «По путям-дорогам» (1958), «Сухая Буйвола» (1958). Как бы отвечая на критику в свой адрес, Бабаевский пишет новый роман «Сыновний бунт» (I960), где показывает, как вчерашний герой начинает тормозить движение жизни вперед.
Бабаевский переезжает в Москву, но связь с Кубанью и Ставропольем не прерывает. «Натура мне нужна — люди, станицы, хутора, поля и степи», — говорит он (цит. по: Пухов Ю. Живые родники. С. 97).
В 1965 был издан роман «Родимый край».
В 1970 роман в двух книгах «Белый свет». Затем последовали романы «Современники» (1976) и «Приволье» (1980). Художественное исследование жизни кавалера двух Золотых Звезд Ивана Тихоновича Дрозденко, председателя колхоза в кубанской станице, привело Бабаевского к созданию нового произведения «Как жить?», названного автором поэмой (1985).
Критика отмечала: «Семён Бабаевский создал убедительный образ положительного героя... На вопрос, поставленный в заголовке произведения, автор дает исчерпывающий ответ: жить надо так, чтобы и после смерти твоей люди равнялись на твою совесть» (Ставрополье. 1985. №4. С.108). Романы «Кавалер Красной Звезды» и «Свет над землей» были изданы не менее чем на 29 иностранных языках.